Grundsätzlich läßt sich ein theologischer von einem umgangssprachlichen Sektenbegriff unterscheiden. In der Theologie ist eine Sekte eine Abspaltung von einer der großen christlichen Kirchen. Aus der Sicht dieser Kirche hat die abgespaltene Gruppe den Boden des gemeinsamen Glaubens verlassen oder die alten Glaubenswahrheiten verändert und ist somit zur "Sekte" geworden. Meist verschlechtert sich die Beziehung zwischen beiden soweit, daß die Sekte ihrer Mutterkirche jegliche Glaubwürdigkeit abspricht und für sich selbst beansprucht, den einzig wahren Weg zu Gott oder zum Heil des Menschen zu kennen. Häufig fordert sie von ihren Anhängern im gleichen Atemzug totale Unterordnung.
Dieser Prozeß der "Versektung" läßt sich am Beispiel der Zeugen Jehovas gut zeigen: Ursprünglich hatten sich lediglich einige besorgte Menschen zum Bibellesen zusammengefunden. Diese wollten keinesfalls eine "Sekte" gründen. Im Laufe der Jahre entstand in diesem Kreis jedoch die Überzeugung, daß nur hier das Wort Gottes angemessen gedeutet und verstanden werden kann und die großen Kirchen verdorben seien. Immer mehr definierten sich die Zeugen Jehovas gerade über ihre Ablehnung der christlichen Kirchen. Heute zählt man die Zeugen Jehovas neben der Neuapostolischen Kirche und anderen Gemeinschaften zu den "klassischen christlichen Sondergemeinschaften", oder eben verkürzt zu den "klassischen Sekten". Diese haben eine christliche Wurzel, sie entziehen sich (mehr oder weniger) ökumenischer Zusammenarbeit mit anderen christlichen Gemeinschaften und beanspruchen für sich, den einzig richtigen Weg zum Heil zu kennen.
Der umgangssprachliche Sektenbegriff bezeichnet in erster Linie eine Abweichung vom Wertekonsens der Gesellschaft: Eine Gruppe wird als "Sekte" empfunden, die (im harmlosen Fall) aus der bürgerlichen Welt aussteigt und zurückgezogen in einer Landkommune lebt, oder die radikal aussteigt, fremde Heilsideen aufnimmt und skrupellos die eigenen Interessen verfolgt. Deutlich wird dieser umgangssprachliche Gebrauch des Sektenbegriffs mit Blick auf die derzeit in der Öffentlichkeit viel diskutierte Scientology-Organisation. Bei Scientology handelt es sich weder um eine Abspaltung von einer Mutterreligion noch überhaupt um eine Religionsgemeinschaft. Daß sie dennoch umgangssprachlich häufig als "Sekte" bezeichnet wird, hängt mit der Lebenswirklichkeit dieser Organisation zusammen: Sie wird als hochideologisierte Gruppe mit beängstigenden Visionen erlebt, als verschworene Gemeinschaft, welche rücksichtslos die eigenen Ziele verfolgt. Die Parallelen zu den Zeugen Jehovas liegen also in der Unterdrückung und Ausbeutung der Mitglieder und der Abwendung von bestimmten, allgemein geteilten Regeln und Moralvorstellungen.